1998年，樊锦诗带领科研人员，在石窟遗址的科学保护、科学管理上走出了一条切实可行的路，初步形成了石窟科学保护的理论与方法。敦煌莫高窟地处沙漠干早的恶劣环境。她提出了“莫高窟治沙工程”等13项文物保护工程，独创作文人网Www.ZuoWenren.coM了一套新型技术使莫高窟文物保护环境得到改善，她兽组织敦煌研究院与浙江大学共同申请国家自然科学基金《多媒体与智能技术集成与艺术复原》课题，这一课题以敦煌莫高窟为重点，首次将莫高窟用多媒体及智能技术展现在人们面前。
1963年从北京大学历史系考古专业毕业后，樊锦诗被敦煌研究院点名赴任。1967年，樊锦诗获得总假期，在武汉与彭金章结婚，从此夫妻俩开启了长达19年的分居生活。在那的时代，异地夫妻的生活更是难上加难。顾不上孩子的生活问题就要奔赴去工作做而且敦煌的条件十分艰苦，但在敦煌待得越久，樊锦诗对石窟也越有感情。后来彭金章为了支持她工作，也调到敦煌。夫妇二人共同守护昆仑石窟，他们代表着一代代敕煌人，怀着一种对学术的单纯与执着，用一生的坚守。保护着敦煌石窟，让敦煌文化始终活着，让敦煌传诚永久流传。40多年的执着和坚守，语写了平凡与伟大