伏地魔是近代巫师界继承格林德沃候能力最强的黑巫师，他主张纯血统巫师论，想要统治巫师和麻瓜，同时大开杀界，使得人心惶惶，之后无意中听到了一个预言，一个七月份出生的男孩拥有可以打败他的神秘力量，伏地魔将目光锁定在了年仅一岁的哈利身上，而詹姆和莉莉在邓布利多赤胆忠心咒的保护下藏了起来，但小矮彼得星胆小懦弱，作为保护人出卖了波特一家，破坏了赤胆忠心咒，并祸害给小天狼星，让小天狼星进了阿兹卡班，而自己则装死成为了大英雄。于是伏地魔闯入了波特家，杀掉了哈利的父母，正在杀哈利是时因为莉莉的母爱和一个十分古老强大的咒语反弹了阿瓦达索命咒，而伏地魔因为有魂器的存在只受到了重创，之后逃到了别处苟活起来，而哈利的头上留下了阿瓦达索命咒的闪电形伤疤，在什么都不懂的情况下一夜之间成了救世主，但为了让他保持内心的纯洁善良，并没有把这一切告知给他，而是让她住到了自私嫉妒偏小气的姨父姨妈德思礼家，因为她姨妈的嫉妒，让他对魔法和自己的身世一无所知，每天都被欺负着。
知道表哥达力的一次生日，哈利发现自己可以与蛇交流，还有不少神奇的能力，之后被海格接到了霍格沃兹上学，被分院帽分到了格兰芬多，认识了精通学术用功好学的赫敏-格兰杰，善良可爱，风趣幽默的罗恩-韦斯莱，傻乎乎的西莫，团团脸纳威隆巴顿等，所有人都非常愿意与他交朋友，除了德拉科马尔福，他骂哈利，嘲笑罗恩是穷鬼，赫敏是泥巴种，平时胆小懦弱，尖酸刻薄还经常欺压弱小的同学，不久后，两人就成为了死对头。
马尔福在半夜将他们引出去，想扣他们的学院分，他们在逃跑中却无意发现了魔法石的下落，并怀疑魔药课老师斯内普在偷魔法石，海格为了实现自己的梦想，又被奇洛套出了魔法石的话，还为了那只小火龙东躲西藏，学院分被斯内普抓住机会扣了个精光。
有一天，哈利从邓布利多那里得到了爸爸留给他的隐身衣，去解决一堆忙乱的事，谁知又为此被关了禁闭，同时还要面对即将到作文人网Www.ZuoWenren.coM来的考试，他们按照要求去关了禁闭，刚好碰上了奇洛正在杀独角兽，在骂人的帮助下才得以逃走，三人却以为那是斯内普干的。
在夜晚，哈利和罗恩披着隐身衣跟踪斯内普，发现了能让人看到自己内心深处最迫切，最强烈的渴望的厄里斯魔镜，而真正幸福的人，就能把它当做普通的镜子看，哈利和罗恩沉迷在中无法自拔，而邓布利多出现一语点醒了他们，沉湎于虚幻的梦想，而忘记现实的生活，这是毫无益处的，之后他们就再也没有去找过那面镜子，开始认真的对待考试，同时关心着魔法石的下落。
好不容易是送走了小火龙，大家才发现这是斯内普(其实是奇洛)的圈套，原来伏地魔说服了奇洛并附在其身上，想偷的魔法石，它的创造者尼可勒梅把他交给邓布利多看管，将它藏入机关重重的地下室中。
总算是熬到了考试结束，三人一致认为，救魔法石而违反校规可比不上上伏地魔拿到魔法石要强太多，而奇洛把邓布利多给调走，当天晚上，三人一同赶上奇洛，通过层层考验，即使阻止了奇洛，而哈利又一次因为母亲的咒语救了自己，保护住了魔法石，邓布利多也随之而来，伏地魔赶快再次逃走，又去了别处蛰伏，邓布利多决定毁掉这能让人永生的石头，尼可也说自己已经活了很久，死亡不过是另外一场伟大的冒险，因为这次的事，他们又给学院加了不少分数，得到了学院杯，而哈利又开始了自己的暑假生活。