尼尔斯是一个不爱学习、顽皮、淘皮、喜欢搞恶作剧的孩子。
有一天，尼尔斯用虫网戏弄小精灵，还贪心得想从小精灵身上得到更多的好处。结果他好处没得到，还受到了小精灵的惩罚，被小精灵变成了一个拇指大的小人。
尼尔斯想找到小精灵求寻原谅，但小动物们都曾受过尼尔斯的欺负，现在看见他落难都不愿帮助他。忽然一群大雁从天空飞过，家中的雄作文人网Www.ZuoWenren.coM鹅莫顿准备和大雁们一起飞，尼尔斯为了不让雄鹅莫顿飞走立马抱住莫顿的脖子，却不料被莫顿带到了天上，开启了了一段神奇的旅程·
在刚开始尼尔斯一直受大雁们的排斥，但因为从狐狸斯密尔手中救下了一只大雁，雁群对尼尔斯的态度才有了好转。后来尼尔斯又因为帮助老鼠对抗灰老鼠有功，被邀请参加鹤之舞表演大会，在大会上狐狸斯密因为咬死了一只大雁被驱逐出境。因此孤狸斯密尔一直在找机会仇向大雁们报仇。
最后尼尔斯恢复了原形，也变成了一个听话懂事勇敢有责任心的孩子。